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Microbiome

Indice Microbiome

sol. Le microbiome (du grec micro, « petit », et bios, « vie ») est l'« aire biotique » (aire de vie correspondant à une niche écologique) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant.

88 relations: Acide, Acquisition initiale de microbiote, Agent pathogène, Algorithme, Algorithme évolutionniste, Animal de rente, Anticorps, Appareil digestif, Appareil génital masculin, Arbre, Autruche, Azote, Éditions Odile Jacob, États-Unis, Base de données, Big data, Bio-informatique, BioRxiv, Bouche, Carie dentaire, Coévolution, Commensalisme, Contig, Endosymbiose, Enjeu, Estomac, Feuille, Gène, Génétique, Génome, Gnotobiote, Gorge (anatomie), Helicobacter pylori, Hominoidea, Interaction durable, Joshua Lederberg, Le Cherche midi, Lumière, Maladie, Maladie de Crohn, Maladie inflammatoire chronique de l'intestin, Métagénomique, Micro-organisme, Microbiologiste, Microbiote, Microbiote de l'organisme humain, Microbiote des plantes, Microbiote intestinal humain, Micromycète, Nasonia, ..., National Institutes of Health, Nez, Niche écologique, Obésité, Oiseau, Oligotrophe, Organisme xylophage, Pascale Cossart, Peau, Phyllosphère, Pierre-Joseph Van Beneden, Pipeline logiciel, Potentiel hydrogène, Prébiotique, Primates, Probiotique, Rhizosphère, Ruminantia, Salicaceae, Santé, Santé sexuelle, Séquençage de l'ADN, Séquençage de l'ARN, Sol (pédologie), Symbiose, Syndrome d'immunodéficience acquise, Température, Termite, Tracheophyta, Transfert horizontal de gènes, Travail collaboratif, Ubiquité, Ulcère gastroduodénal, Ultraviolet, Virome, Vitamine, 2007, 2008. Développer l'indice (38 plus) »

Acide

Un acide est un composé chimique minéral ou organique accepteur, au sens large, de doublets électroniques.

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Acquisition initiale de microbiote

L'acquisition initiale de microbiote est la formation du microbiote d'un organisme immédiatement avant et après la naissance.

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Agent pathogène

Un agent pathogène est un facteur biologique capable d'engendrer une lésion ou de causer une maladie, aussi bien chez les humains que chez les animaux ou chez les plantes.

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Algorithme

triangulation). Un algorithme est une suite finie et non ambiguë d'instructions et d’opérations permettant de résoudre une classe de problèmes.

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Algorithme évolutionniste

Un algorithme évolutionnaire utilise itérativement des opérateurs de sélections (en bleu) et de variation (en jaune). i: initialisation, f(X): évaluation, ?: critère d'arrêt, Se: sélection, Cr: croisement, Mu: mutation, Re: remplacement, X*: optimum. Les algorithmes évolutionnistes ou algorithmes évolutionnaires (evolutionary algorithms en anglais), sont une famille d'algorithmes dont le principe s'inspire de la théorie de l'évolution pour résoudre des problèmes divers.

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Animal de rente

Des vaches laitières, un exemple-type d'animal de rente. Un animal de rente, aussi appelé animal de production, est, en droit européen (notamment français et suisse), un animal élevé ou gardé pour sa rentabilité, c'est-à-dire.

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Anticorps

Un anticorps est un complexe protéique produit par le système immunitaire adaptatif dans un organisme vivant pour détecter et neutraliser les agents pathogènes de manière spécifique.

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Appareil digestif

Le système digestif, appelé aussi appareil digestif, est l'ensemble des organes qui chez les êtres vivants a pour rôle d'assurer l'ingestion et la digestion des aliments pour en extraire l'énergie et les nutriments nécessaires à la survie de l'organisme qui sont ensuite absorbés par l'organisme.

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Appareil génital masculin

scrotum L'appareil génital masculin est l'appareil reproducteur de l'homme.

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Arbre

plantes à fleurs comme ces jacarandas au Zimbabwe. hêtre (''Fagus sylvatica''). fruits comestibles, comme ici l'arbre à pain (''Artocarpus altilis''). Un tilleul, arbre commun d'Europe du Nord, planté en l'honneur de l'intronisation de Willem-Alexander des Pays-Bas. Un arbre (du latin arbor) est une plante ligneuse terrestre comportant un tronc sur lequel s'insèrent des branches ramifiées portant le feuillage dont l'ensemble forme le houppier, appelé aussi couronne.

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Autruche

Les autruches, qui forment le genre Struthio, sont des oiseaux de la famille des Struthionidae.

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Azote

L'azote est l'élément chimique de numéro atomique 7, de symbole N (du latin nitrogenium).

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Éditions Odile Jacob

Les éditions Odile Jacob sont une maison d'édition française indépendante fondée par Odile Jacob.

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États-Unis

Les États-Unis (prononcé), en forme longue les États-Unis d'AmériqueComme la plupart des pays, les États-Unis ont un nom « court » pour l'usage courant, pédagogique et cartographique, et un nom « long » pour l'usage officiel.

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Base de données

Une base de données permet de stocker et de retrouver des données structurées, semi-structurées ou des données brutes ou de l'information, souvent en rapport avec un thème ou une activité; celles-ci peuvent être de natures différentes et plus ou moins reliées entre elles.

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Big data

Le big data (« grosses données » en anglais), les mégadonnées Commission générale de terminologie et de néologie, Journal officiel de la République française du.

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Bio-informatique

La bioinformatique (ou bio-informatique), est un champ de recherche multidisciplinaire de la biotechnologie où travaillent de concert biologistes, médecins, informaticiens, mathématiciens, physiciens et bioinformaticiens, dans le but de résoudre un problème scientifique posé par la biologie.

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BioRxiv

BioRxiv (prononciation: « bio-archive ») est une archive de dépôt de préprints consacrée aux sciences biologiques, cofondée par John Inglis et Richard Sever en novembre 2013.

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Bouche

La bouche, également dénommé cavité buccale, ou encore cavité orale, est l'ouverture par laquelle la nourriture d'un animal entre dans son corps.

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Carie dentaire

doi.

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Coévolution

Coévolution plantes à fleurs - insectes. fécondées que par une seule espèce d’insecte. En biologie, la décrit les transformations qui se produisent au cours de l’évolution entre deux espèces (coévolution par paire) ou plus de deux espèces (coévolution diffuse) à la suite de leurs influences réciproques.

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Commensalisme

moineaux cisalpins se nourrit dans une coupe de glace. interactions biologiques. Le commensalisme (du latin cum-, « avec » et mensa, « table », par exemple « compagnon de table » ou « manger à la même table ») est un type d’interaction biologique naturelle et fréquente ou systématique entre deux êtres vivants dans laquelle l'hôte fournit une partie de sa propre nourriture au commensal.

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Contig

Un contig est une séquence génomique continue et ordonnée générée par l'assemblage des clones d'une bibliothèque génomique (sous forme de plasmides, cosmides, BAC ou YAC) qui se chevauchent.

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Endosymbiose

fixatrice d'azote. Cette image (en fort grossissement) montre le réticulum endoplasmique, le dictyosome et la paroi cellulaire. L’endosymbiose est une forme de symbiose entre deux organismes vivants, où l'un est contenu par l'autre.

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Enjeu

Un enjeu est quelque chose que l'on risque dans une compétition, une activité économique ou une situation vis-à-vis d'un aléa.

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Estomac

L' (en grec ancien) (aussi appelé poche stomacale) est la portion du tube digestif en forme de poche, située entre l’œsophage et le duodénum.

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Feuille

Feuille simple captant la lumière du soleil (cf. ''Colocasia'') passage.

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Gène

Un gène, du grec ancien (« génération, naissance, origine »), est, en biologie, une séquence discrète et héritable de nucléotides dont l'expression affecte les caractères d'un organisme.

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Génétique

De la molécule d'ADN à la cellule vivante. Le nom de génétique vient de l'adjectif grec, qui qualifie « ce qui est en rapport aux fonctions de génération ».

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Génome

Le génome (//), ou plus rarement génôme, est l'ensemble du matériel génétique d'une espèce codé dans son acide désoxyribonucléique (ADN), à l'exception de certains virus dont le génome est constitué d'acide ribonucléique (ARN).

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Gnotobiote

Mot dérivé de l’anglais scientifique gnotobiote renvoyant lui-même au mot « gnotobiota » qui désigne une colonie de microorganismes ou une espèce obtenue d’une souche pure, isolée de son environnement et associée expérimentalement à un hôte particulier, qui sera alors dit gnotobiotique ou gnotoxénique.

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Gorge (anatomie)

En anatomie, la gorge est la partie du cou antérieure à la colonne vertébrale.

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Helicobacter pylori

Helicobacter pylori est une bactérie qui infecte la muqueuse gastrique.

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Hominoidea

Les Hominoidea (Hominoïdes, ou grands singes, ou encore singes sans queueEn anglais, on distingue ape de monkey, grand singe de singe, mais cette distinction est récente en français pour mieux traduire le mot Apes qui correspond aux Hominoïdes.) forment l'une des deux super-familles de singes de l'Ancien Monde ou Catarrhiniens.

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Interaction durable

Les interactions durables sont une des formes d'interactions biologiques.

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Joshua Lederberg

Joshua Lederberg, né le à Montclair (New Jersey) et mort le à New York, est un généticien et microbiologiste américain, pionnier de la biologie moléculaire.

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Le Cherche midi

Le Cherche Midi est une maison d'édition française fondée en 1978 par Philippe Héraclès et Jean Orizet, dans une librairie de la rue du Cherche-Midi (Paris).

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Lumière

Rayons de lumière sortant des nuages. Dans son sens le plus habituel, la lumière est le phénomène à l'origine d'une sensation visuelle.

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Maladie

''The Sick Girl'' (''La Fille malade'') de Michael Ancher La maladie est une altération des fonctions ou de la santé d'un organisme vivant.

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Maladie de Crohn

La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI) qui peut atteindre toute partie de l'appareil digestif (de la bouche à l'anus) et éventuellement la peau, les articulations et les yeux.

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Maladie inflammatoire chronique de l'intestin

Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) regroupent les maladies liées à l'inflammation de l'intestin à caractère chronique.

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Métagénomique

Global Ocean Sampling Expedition'', tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex: intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire)Francis Quetier et Patrick Wincker, « L'avènement de la métagénomique », Dossier Pour la Science,, octobre-décembre 2013,.

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Micro-organisme

Un micro-organisme ou microorganisme (du grec ancien, « petit » et de, « organe ») ou microbe (du grec, « petit » et, « vie ») est un organisme unicellulaire qui ne peut être observé individuellement qu'à l'aide d'un microscope.

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Microbiologiste

Un microbiologiste est un scientifique qui étudie les formes de vie et les processus microscopiques.

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Microbiote

''Escherichia coli'', l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal: zoobiote; végétal: phytobiote; sol: microbiote tellurique; air: aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale).

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Microbiote de l'organisme humain

Le microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre.

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Microbiote des plantes

organismes du sol. État de Washington), sur bancs de galets et sables. Ces arbres poussent spontanément et vigoureusement bien que situés sur un substrat oligotrophe et carencé en azote. Sharon L. Doty ''et al''., dans une étude de 2016 montrent qu'une part du microbiote est formé non pas de bactéries et champignons rhizosphériques mais de bactéries endophytes diazotrophes de l'intérieur des branches, qui aident efficacement à capter l'azote ambiant (et non directement bioassimilable par les végétaux). Le microbiote des plantes, appelé aussi phytobiote, est le microbiote constitué de la communauté de micro-organismes bactériens et fongiques plus ou moins mutualistes ou symbiotiques, associée à la plupart des plantes.

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Microbiote intestinal humain

Rôles du microbiote intestinal: il protège contre des pathogènes, synthétise des vitamines, participe au développement et à la maturation du système immunitaire, promeut l'angiogenèse, participe à la prise de poids, fermente les fibres en AGCC (acides gras à chaînes courtes), module le SNC (système nerveux central). Le microbiote intestinal humain, anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire. Il constitue le plus grand réservoir du microbiote de l'organisme humain et un réservoir d’activités enzymatiques essentiel pour la digestion et la physiologie humaines. À ce titre, il influe sur la santé. Ce microbiote et son hôte humain sont un exemple de symbiose mutualiste (coopération entre différentes sortes d’organismes impliquant un avantage pour chacun) et de commensalisme. Le microbiote peut réguler l’expression de certains gènes de l'hôte, ce qui fait évoquer des relations symbiotiques avancées Dethlefsen L, Eckburg PB, Bik EM, Relman DA. « » Trends Ecol Evol. 21, 517–523 (2006) Larsson, E. 61, 1124–31 (2012). Chez un individu en bonne santé, l'activité métabolique de ce microbiote en fait l'équivalent d'un organe à part entière dans la physiologie humaine. Il est impliqué dans la maturation du système immunitaire et de l'épithélium intestinal de l'hôte Mazmanian SK, Liu CH, Tzianabos AO, Kasper DL. 122, 107–118 (2005). Il intervient dans de nombreuses voies métaboliques fondamentales comme la fermentation des sucres et des protéines ainsi que le métabolisme des acides biliaires et des xénobiotiques. En matière de nutrition, il permet aux systèmes digestifs de fermenter les fibres alimentaires et il synthétise des vitamines essentielles Bäckhed F, Ley RE, Sonnenburg JL, Peterson DA, Gordon JI. 307, 1915 (2005) Ley RE, Lozupone CA, Hamady M, Knight R, Gordon JI. « » Nat Rev Microbiol. 6, 776–788 (2008). En cas de dysbiose, c’est‐à‐dire de changement dans la composition ou la stabilité des populations bactériennes de l’intestin, le microbiote peut être associé à des maladies métaboliques telles que le diabète de type 2, l'obésité ou les maladies cardiovasculaires. Par ailleurs, certaines composantes du microbiote ont été associées aux maladies inflammatoires chroniques de l'intestin telles que la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique Manichanh C. 55, 205–11 (2006) Vasquez N. 13, 684–692 (2007), mais aussi au développement d'allergies MacDonald TT, Bell I, Monteleone G. « » Biochem Soc Trans. 39, 1061–1066 (2011) et au cancer colorectal Sobhani I. Microbial Dysbiosis in Colorectal Cancer (CRC) Patients« Microbial Dysbiosis in Colorectal Cancer (CRC) Patients » PLoS ONE 6, e16393 (2011). Bien que les recherches aient progressé depuis les années 2000, grâce aux techniques de séquençage haut débit du matériel génétique, la connaissance dans ce domaine est encore exploratoire et scientifiquement incomplète. Ces hypothèses scientifiques ouvrent des pistes prometteuses, que la vulgarisation scientifique et médiatique simplifie parfois sous le terme de « deuxième cerveau ». Les relations de cause à effet de corrélations observées doivent toutefois être généralement mieux établies.

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Micromycète

bourgeonnant (cicatrices de bourgeonnement en vert), vue au microscope à fluorescence. Le groupe des micromycètes, microchampignons ou microfungi rassemble des champignons eucaryotes de très petite taille ou microscopiques.

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Nasonia

Nasonia est un genre de guêpes parasites de la famille des Pteromalidae.

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National Institutes of Health

en Ancien logo des Instituts américains de la santé. Les National Institutes of Health (NIH, que l'on peut traduire par Instituts américains de la santé) sont des institutions gouvernementales des États-Unis qui s'occupent de la recherche médicale et biomédicale.

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Nez

passage.

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Niche écologique

La niche écologique est un des concepts théoriques de l'écologie.

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Obésité

L’obésité est une maladie non transmissible qui se caractérise par un excès de graisse corporelle résultant d'un apport énergétique issu de l'alimentation largement supérieur aux besoins de l'individu concerné.

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Oiseau

Les oiseaux (Aves) sont une classe de vertébrés tétrapodes caractérisée par la bipédie, des ailes, un plumage et un bec sans dents.

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Oligotrophe

Ariège). Un milieu oligotrophe (du grec oligo, « peu », et trophein, « nourrir »), est le contraire d'un milieu eutrophe.

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Organisme xylophage

Un organisme xylophage (du grec ancien: « bois » et « manger ») est un organisme vivant (désignant le plus souvent les animaux, lignivore étant un terme plus générique) dont le régime alimentaire est composé principalement d'aubier, mais aussi de « bois parfait » (duramen).

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Pascale Cossart

Pascale Cossart, née le à Cambrai, est une biologiste française, spécialisée en microbiologie cellulaire, professeur de classe exceptionnelle à l'Institut Pasteur depuis 2006.

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Peau

Photographie rapprochée de la peau humaine. Dermatome (chaque couleur correspond à la partie de la peau innervée par un nerf différent, à partir de la moelle épinière). La peau (provenant du pellis) est un organe composé de plusieurs couches de tissus.

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Phyllosphère

En microbiologie, la phyllosphère est l'ensemble des parties des plantes situées au-dessus du niveau du sol et considéré comme habitat pour les micro-organismes.

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Pierre-Joseph Van Beneden

Statue de Pierre-Joseph Van Beneden érigée à Malines (sculpteur Jules Lagae). Pierre-Joseph Van Beneden (né le à Malines et mort le à Louvain) est un paléontologue et un zoologiste belge qui s'est spécialisé en parasitologie.

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Pipeline logiciel

Le pipeline logiciel (software pipelining, par opposition aux pipelines matériels) est une technique utilisée par les compilateurs pour optimiser l'exécution des boucles.

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Potentiel hydrogène

Pas de description.

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Prébiotique

Exemple de prébiotique, un galactooligosaccharide. Les prébiotiques sont des substances alimentaires composées généralement de glucides complexes connus sous le vocable d'oligosaccharides et de polysaccharides à courte chaîne, étant définis comme « un substrat qui est utilisé sélectivement par les microorganismes de l'hôte pour conférer des bénéfices sur la santé ».

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Primates

Les Primates– du latin, signifiant – constituent un ordre de mammifères placentaires.

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Probiotique

Mécanismes proposés des actions des souches probiotiques au niveau de l'épithélium intestinal: compétition avec les pathogènes pour les nutriments nécessaires à leur multiplication (A), compétition pour l’adhésion aux sites récepteurs (B), stimulation immunitaire par leurs activités enzymatiques (C), action antagoniste directe par production de peptides antimicrobiens qui inhibent la croissance des pathogènes (D). Les probiotiques sont des micro-organismes vivants (bactéries ou levures) ajoutés à certains produits alimentaires comme les yaourts et vendus comme promoteurs de santé humaine.

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Rhizosphère

alt.

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Ruminantia

Les Ruminants (avec une majuscule), Ruminantia, forment un sous-ordre de mammifères cétartiodactyles.

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Salicaceae

La famille des Salicaceae (Salicacées) regroupe des plantes dicotylédones.

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Santé

120px La santé est.

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Santé sexuelle

Évènement de sensibilisation au SIDA en Angola La santé sexuelle est un concept proche de celui de santé reproductive.

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Séquençage de l'ADN

Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné.

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Séquençage de l'ARN

Le séquençage de l'ARN (RNA-Seq, de l’anglais RNA sequencing), également appelé séquençage aléatoire du transcriptome entier (whole transcriptome shotgun sequencing en anglais), est une technologie qui utilise le séquençage à haut débit (next-generation sequencing en anglais) pour identifier et quantifier l'ARN issu de la transcription du génome à un moment donné.

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Sol (pédologie)

isbn.

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Symbiose

racine. La symbiose (du grec, « avec, ensemble » et du nom, « vie ») est une association intime, durable entre deux organismes hétérospécifiques.

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Syndrome d'immunodéficience acquise

Le syndrome d'immunodéficience acquise, plus connu sous son acronyme SIDA (également écrit sida), est un ensemble de symptômes consécutifs à la destruction de cellules du système immunitaire par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH).

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Température

La température est une grandeur physique mesurée à l’aide d’un thermomètre et étudiée en thermométrie.

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Termite

Les termites, parfois surnommés fourmis blanches, sont des insectes.

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Tracheophyta

Les Trachéophytes (du grec Trakheia, conduit raboteux) ou Trachéobiontes, appelées aussi plantes vasculaires, sont une division de plantes qui associent.

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Transfert horizontal de gènes

domaines montrant les possibles transferts horizontaux, notamment ceux postulés par la théorie endosymbiotique. Le transfert horizontal de gènes, ou transfert latéral de gènes, est un processus dans lequel un organisme intègre du matériel génétique provenant d'un autre organisme sans en être le descendant.

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Travail collaboratif

Un travail collaboratif est un travail qui n'est plus fondé sur l'organisation hiérarchisée traditionnelle, et est plus spécifiquement un mode de travail (éventuellement intégré dans un modèle économique de production) où collaborent de nombreuses personnes grâce aux technologies de l'information et de la communication, notamment les plateformes sur internet.

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Ubiquité

L'ubiquité ou l'omniprésence est la capacité d'être présent en tout lieu ou en plusieurs lieux simultanément.

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Ulcère gastroduodénal

L’ulcère gastroduodénal (UGD, parfois épellé gastro-duodénal), aussi appelé ulcère de l'estomac, est une maladie qui a longtemps été considérée comme chronique, définie anatomiquement par une perte de substance de la paroi de l’estomac ou du duodénum dépassant la.

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Ultraviolet

longueurs d'onde (avec des exemples de tailles), les fréquences correspondantes, et les températures du corps noir dont l'émission est maximum à ces longueurs d'onde. Le rayonnement ultraviolet (UV), également appelé « lumière noire » parce que généralement invisible à l’œil nu, est un rayonnement électromagnétique de longueur d'onde inférieure à celle de la lumière visible, mais supérieure à celle des.

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Virome

Le virome est l'ensemble des génomes des virus.

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Vitamine

Une vitamine est une substance organique, nécessaire en quantité mineure (moins de 100 mg/jour - voir tableau ci-dessous) au métabolisme d'un organisme vivant, qui ne peut être synthétisée en quantité suffisante par cet organisme.

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2007

L'année 2007 est une année commune qui commence un lundi.

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2008

L'année 2008 est une année bissextile qui commence un mardi.

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