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PyMOL

Indice PyMOL

PyMOL est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D créé par Warren DeLano.

19 relations: Acide désoxyribonucléique, Biologie structurale, Chémoinformatique, Chimie, Feuillet bêta, Hélice alpha, Jmol, Ligand (biologie), Logiciel libre, Logiciel multiplateforme, MacOS, Modélisation moléculaire, Multilinguisme, Python (langage), Python Software Foundation License, RasMol, Représentation des molécules, Solvant, Structure secondaire.

Acide désoxyribonucléique

Structure de la double hélice d'ADN. C''' entre les deux armatures de la double hélice, constituées d'une alternance de phosphate et de désoxyribose. L'acide désoxyribonucléique, ou ADN, est une macromolécule biologique présente dans presque toutes les cellules ainsi que chez de nombreux virus.

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Biologie structurale

pmid.

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Chémoinformatique

Breadth-first search generation - journal.pcbi.1008504.g002.png La chémoinformatique (anglicisme) ou chimio-informatique, est le domaine de la science qui consiste en l'application de l'informatique aux problèmes relatifs à la chimie.

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Chimie

La chimie est une science de la nature qui étudie la matière et ses transformations, et plus précisément les atomes, les molécules, les réactions chimiques et les forces qui favorisent les réactions chimiques.

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Feuillet bêta

Les feuillets β ou feuillets β plissés est la deuxième forme de structure secondaire régulière observée dans les protéines, avec une fréquence de présence plus faible que les hélices α.

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Hélice alpha

Exemple d'hélice alpha. L’hélice alpha (hélice α) est une structure secondaire courante des protéines.

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Jmol

Jmol est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D.

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Ligand (biologie)

Myoglobine en bleu lié à son ligand hème en orange. En biologie, un ligand (du latin ligandum, liant) est une molécule qui se lie de manière réversible à une macromolécule ciblée, protéine ou acide nucléique, jouant en général un rôle fonctionnel: stabilisation structurale, catalyse, modulation d'une activité enzymatique, transmission d'un signal.

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Logiciel libre

alt.

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Logiciel multiplateforme

Un logiciel multiplateforme est un logiciel conçu pour fonctionner sur plusieurs plateformes informatiques.

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MacOS

macOS (auparavant Mac OS X –, puis OS X) est un système d’exploitation partiellement propriétaire développé et commercialisé par Apple depuis, dont les versions les plus récentes sont macOS Sonoma (version 14), macOS Ventura lancée le 24 octobre 2022 et macOS Monterey (12) lancée le 25 octobre 2021 pour le grand public.

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Modélisation moléculaire

alt.

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Multilinguisme

logo de la Confédération suisse, dont l’allemand, le français, l'italien et le romanche sont les quatre langues nationales Enseigne multilingue à l’aéroport international de Vancouver. Texte en anglais, français et chinois affiché de façon permanente, tandis que le panneau de droite est un écran qui montre d’autres langues à tour de rôle. Le mot multilinguisme (ainsi que plurilinguisme) décrit le fait qu'une communauté, ou une personne, soit multilingue (ou plurilingue), c'est-à-dire qu'elle soit capable de s'exprimer dans plusieurs langues.

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Python (langage)

Python (prononcé) est un langage de programmation interprété, multiparadigme et multiplateformes.

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Python Software Foundation License

La Python Software Foundation License (PSFL) est une licence libre semblable à la licence BSD.

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RasMol

RasMol est un logiciel de graphisme moléculaire gratuit permettant de représenter des molécules en 3D à partir de différents formats standards de fichiers de représentation de molécules. Il fonctionne sur plateformes MacOS, Windows et Linux.

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Représentation des molécules

La représentation des molécules est utilisée en chimie pour décrire la nature et éventuellement la structure des molécules et, par extension, d'autres espèces chimiques.

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Solvant

Schéma moléculaire de la dissolution du chlorure de sodium dans l'eau: le sel est le soluté, l'eau le solvant. Un solvant est une substance, liquide ou supercritique à sa température d'utilisation, qui a la propriété de dissoudre, de diluer ou d'extraire d’autres substances sans les modifier chimiquement et sans lui-même se modifier.

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Structure secondaire

feuillets β. Cette protéine est la première dont la structure a été résolue par cristallographie en 1958, par Max Perutz et John Kendrew, ce qui leur a valu l'attribution du prix Nobel de chimie en 1962. En biochimie et en biologie structurale, la structure secondaire se rapporte uniquement à la description de la structure tridimensionnelle localement adoptée par certains segments de molécules biologiques (molécules définies comme étant des biopolymères, comme c’est le cas pour les protéines et les acides nucléiques (ADN/ARN)).

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