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24 relations: Algorithme de Smith-Waterman, Algorithmique du texte, Alignement de séquences, Appariement, Bio-informatique, Blast, Drupal, Entrez, Eugene Myers, EUginius, FASTA (format de fichier), FASTA (programme informatique), Journal of Molecular Biology, LOBPCG, Matrice de similarité, Modélisation de protéines par homologie, National Center for Biotechnology Information, Prédiction de gènes, Projet de séquençage de génome, Samuel Karlin, Séquence biologique, Surveillance de l'ARN messager, Techniques de comparaison des génomes, UniProt.
Algorithme de Smith-Waterman
Exemple d'algorithme de Smith-Waterman. Les flèches montrent le chemin de l'algorithme à travers la matrice. Les flèches rouges montrent le meilleur alignement local final. L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme d'alignement de séquences utilisé notamment en bioinformatique.
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Algorithmique du texte
L'algorithmique du texte est le domaine de l'algorithmique dans lequel les objets à traiter sont des textes, c'est-à-dire des chaînes de caractères ou suites de symboles.
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Alignement de séquences
En bio-informatique, l'alignement de séquences (ou alignement séquentiel) est une manière de représenter deux ou plusieurs séquences de macromolécules biologiques (ADN, ARN ou protéines) les unes sous les autres, de manière à en faire ressortir les régions homologues ou similaires.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Alignement de séquences
Appariement
L'appariement, dans le sens commun, est le fait de trier par paire des choses.
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Bio-informatique
La bioinformatique (ou bio-informatique), est un champ de recherche multidisciplinaire de la biotechnologie où travaillent de concert biologistes, médecins, informaticiens, mathématiciens, physiciens et bioinformaticiens, dans le but de résoudre un problème scientifique posé par la biologie.
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Blast
Blast peut faire référence à.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Blast
Drupal
Drupal (prononcé à l'anglaise) est un système de gestion de contenu (CMS) libre et open-source publié sous la licence publique générale GNU et écrit en PHP.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Drupal
Entrez
Logo d'Entrez Le système global de recherches inter-bases de données Entrez (en anglais Entrez) permet d'accéder à des bases de données du site internet du (NCBI).
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Entrez
Eugene Myers
Eugene Wimberly « Gene » Myers Jr., né le à Boise (Idaho), est un informaticien américain, connu pour ses travaux en bio-informatique.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Eugene Myers
EUginius
EUginius est une base de données des organismes génétiquement modifiés (OGM) accessible sur Internet (www.EUginius.eu).
Voir Basic Local Alignment Search Tool et EUginius
FASTA (format de fichier)
Le format FASTA (ou format Pearson) est un format de fichier texte utilisé pour stocker des séquences biologiques de nature nucléique ou protéique.
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FASTA (programme informatique)
FASTA est à l'origine un programme d'alignement de séquences d'ADN et de protéine développé par William R. Pearson en 1988.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et FASTA (programme informatique)
Journal of Molecular Biology
Journal of Molecular Biology (abrégé en J. Mol. Biol.) est une revue scientifique à comité de lecture.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Journal of Molecular Biology
LOBPCG
Le Gradient conjugué préconditionné par bloc localement optimal (acronyme anglophone LOBPCG) est une méthode utilisée pour trouver les valeurs propres les plus grandes (ou les plus petites) et les vecteurs propres correspondants d'un problème de valeurs propres généralisé symétrique pour une paire (A, B) de matrices hermitiennes complexes ou réelles symétriques, où la matrice B est également supposée définie positive.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et LOBPCG
Matrice de similarité
Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement.
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Modélisation de protéines par homologie
Modélisation de protéines par homologie La modélisation de protéines par homologie, également connue sous le nom de modélisation comparative des protéines, se réfère à la construction d’un modèle d’une protéine « cible », dont la résolution est de niveau atomique, à partir de sa séquence d’acides aminés et d'une structure expérimentale tridimensionnelle d’une protéine homologue connexe (le « modèle »).
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National Center for Biotechnology Information
Le National Center for Biotechnology Information (NCBI, en français littéralement « Centre américain pour les informations biotechnologiques ») est un institut national américain pour l'information biologique moléculaire.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et National Center for Biotechnology Information
Prédiction de gènes
En bio-informatique, la prédiction de gènes consiste à identifier les zones de l'ADN qui correspondent à des gènes (le reste étant non codant).
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Prédiction de gènes
Projet de séquençage de génome
Les projets de séquençage de génome sont des projets scientifiques qui ont pour but d'obtenir les séquences complètes des génomes de différents organismes: bactéries, plantes, champignons, animaux, et humain.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Projet de séquençage de génome
Samuel Karlin
Samuel Karlin (né le à Janowa, en Pologne; mort le à Palo Alto, Californie) est un mathématicien américain, qui travaille notamment sur les applications des mathématiques à la génétique des populations et en biologie moléculaire, en théorie des jeux et en statistique.
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Séquence biologique
Une séquence biologique est la description de l'enchaînement des éléments (ou monomères) qui constituent une macromolécule biologique, acide nucléique ou protéine.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Séquence biologique
Surveillance de l'ARN messager
Les mécanismes de surveillance de l'ARNm sont des voies utilisées par les organismes pour assurer la fidélité et la qualité des molécules d'ARN messagers.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Surveillance de l'ARN messager
Techniques de comparaison des génomes
L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et Techniques de comparaison des génomes
UniProt
UniProt est une base de données de séquences de protéines.
Voir Basic Local Alignment Search Tool et UniProt
Également connu sous le nom de BLAST, Blast (bioinformatique).