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89 relations: Acétylcholinestérase, Acide, Acide aminé, Acide aminé protéinogène, Acide aspartique, Acide glutamique, Alcool (chimie), Alcool secondaire, Amidase, Amide, Asparagine, Atome, Azote, Électronégativité, Base (chimie), Base forte, Bêta-lactamase, Biochimie, Biologie moléculaire, Carbone, Carbone alpha, Catalyse, Chaîne latérale, Chiralité (chimie), Chymotrypsine, Clivage (chimie), Composé carbonylé, Composé cyclique, Constante d'acidité, Convergence évolutive, Cycle catalytique, Cystéine, Cytomégalovirus, Déprotonation, Doublet non liant, EC 3.1, Encombrement stérique, Enzyme, Extrémité C-terminale, Extrémité N-terminale, Groupe fonctionnel, Hépatite A, Histidine, Hydrolase, Hydrolyse, Hydrophobie (physique), Hydroxyle, Imidazole, Intermédiaire réactionnel, Ion, ..., Liaison covalente, Liaison hydrogène, Lipase, Lysine, Mécanisme réactionnel, Méthyle, Molécule d'eau, Nucléofuge, Nucléophile, Oxygène, Papaïne, Paradigme, Peptidase, Peptide, Polypeptide, Produit de réaction, Protéase à cystéine, Protéase à sérine, Protéase à thréonine, Protéase TEV, Proton, Réaction chimique, Résidu (biochimie), Repliement alpha/bêta hydrolase, Repliement des protéines, Séquence biologique, Sérine, Site actif, Soufre, Structure primaire, Structure tertiaire, Substrat enzymatique, Tétraèdre, Thiol, Thiolate, Thréonine, Transférase, Trou oxyanion, Virus de la gravure du tabac. Développer l'indice (39 plus) »
Acétylcholinestérase
En enzymologie, une acétylcholinestérase est une hydrolase qui catalyse la réaction: Ces enzymes assurent le clivage de l'acétylcholine, un neurotransmetteur, en ion acétate et choline dans les synapses, réaction nécessaire pour permettre aux neurones cholinergiques de revenir à l'état de repos après leur activation par des influx nerveux, par exemple dans les plaques motrices.
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Acide
Un acide est un composé chimique minéral ou organique accepteur, au sens large, de doublets électroniques.
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Acide aminé
carbone α est orangé. méthanogènes. α-aminés protéinogènes; il est employé en pharmacie comme antalgique et antiépileptique. Un acide aminé est un acide carboxylique qui possède également un groupe fonctionnel amine.
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Acide aminé protéinogène
groupe aldéhyde sur l'atome d'azote de l'amine primaire Un acide aminé protéinogène est un acide aminé incorporé dans les protéines lors de la traduction de l'ARN messager par les ribosomes.
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Acide aspartique
L’acide aspartique (abréviations IUPAC-IUBMB: Asp et D), est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, encodé sur les ARN messagers par les codons GAU et GAC.
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Acide glutamique
L'acide glutamique (abréviations IUPAC-IUBMB: Glu et E), ou glutamate sous la forme anionique de l'acide glutamique, est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des 22 acides aminés protéinogènes, encodé sur les ARN messagers par les codons GAA et GAG.
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Alcool (chimie)
Le méthanol est le plus simple des alcools. On voit le groupe hydroxyle -OH à droite: O est en rouge et H en blanc. En chimie organique, un alcool est un composé organique dont l'un des atomes de carbone (celui-ci étant tétraédrique) est lié à un groupe hydroxyle (-OH).
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Alcool secondaire
En chimie, un alcool est dit secondaire, lorsque le groupe hydroxyle (-OH) est porté par un carbone secondaire, c'est-à-dire lié à deux autres carbones.
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Amidase
Une amidase est une hydrolase qui catalyse la réaction: Dans le cas particulier où l'amide secondaire constitue une liaison peptidique, l'amidase est appelée peptidase.
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Amide
Structure générale des amides Un amide est un composé organique dérivé d'un acide carboxylique.
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Asparagine
L'asparagine (abréviations IUPAC-IUBMB: Asn et N) est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, encodé sur les ARN messagers par les codons AAU et AAC.
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Atome
hélium 4, agrandi à droite, est formé de deux protons et de deux neutrons. Atomes de carbone à la surface de graphite observés par microscope à effet tunnel. Un atome est la plus petite partie d'un corps simple pouvant se combiner chimiquement avec un autre.
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Azote
L'azote est l'élément chimique de numéro atomique 7, de symbole N (du latin nitrogenium).
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Électronégativité
Dipôle permanent de la molécule d'eau. En chimie, l'électronégativité d'un atome est une grandeur physique qui caractérise sa capacité à attirer le doublet d'électrons partagés lors de la formation d'une liaison chimique avec un autre atome.
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Base (chimie)
Bouteille d'ammoniaque à 25-28%. Une base est un produit chimique qui, à l'inverse d'un acide, est capable de capturer un ou plusieurs protons ou, réciproquement, de fournir des électrons.
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Base forte
Une base forte est une base qui se "protone" totalement au cours de sa réaction avec l'eau.
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Bêta-lactamase
Les β-lactamases sont une famille d'enzymes (EC 3.5.2.6) responsables de la résistance de certaines bactéries vis-à-vis de certains antibiotiques bêta-lactamine.
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Biochimie
en Relations schématiques entre la biochimie, la génétique et la biologie moléculaire. La biochimie est l'étude des réactions chimiques qui se déroulent au sein des êtres vivants, et notamment dans les cellules.
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Biologie moléculaire
La biologie moléculaire (parfois abrégée bio. mol.) est une discipline scientifique de la vie au croisement de la génétique, de la biochimie métabolique et de la physique, dont l'objet est la compréhension des mécanismes de fonctionnement de la cellule au niveau moléculaire.
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Carbone
Le carbone est l'élément chimique de et de Il possède trois isotopes naturels.
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Carbone alpha
Carbones en alpha et bêta du groupe carbonyle. Celui-ci possède deux hydrogènes β et 5 α. En chimie organique, le carbone alpha (ou « carbone en alpha ») est le premier atome de carbone attaché à un groupe fonctionnel.
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Catalyse
Intérieur du musée de la catalyse à Widnes en Angleterre. En chimie, la catalyse (du nom grec:, « dissolution. ») se réfère à l'accélération ou la réorientation de la cinétique de réaction au moyen d'un catalyseur, et dans certains cas à la sélectivité pour diriger la réaction dans un sens privilégié (réaction concurrente, production d'un produit plutôt qu'un autre).
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Chaîne latérale
acides aminés protéinogènes ont la même base, mais chacun a une chaîne latérale différente. En chimie organique et en biochimie, une chaîne latérale est une partie de molécule rattachée au cœur ou à la chaîne principale de la structure.
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Chiralité (chimie)
En chimie, un composé est dit chiral (du grec χείρ: la main) s'il n'est pas superposable à son image dans un miroir plan.
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Chymotrypsine
La chymotrypsine est une peptidase digestive sécrétée par le pancréas, de la famille des protéases à sérine, qui catalyse des protéolyses.
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Clivage (chimie)
Le clivage d'une liaison chimique ou sa scission ou sa dissociation ou encore sa rupture est l'ouverture de cette liaison.
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Composé carbonylé
Un composé carbonylé est un composé organique comportant une double liaison entre un atome de carbone et un atome d'oxygène, l'atome de carbone étant lié communément à des atomes d'hydrogène ou de carbone.
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Composé cyclique
Le benzène est un composé cyclique. En chimie organique, un composé cyclique est une substance dans laquelle au moins une série d'atomes, notamment de carbone, est liée de manière successive par des liaisons covalentes pour former un cycle (une molécule cyclique).
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Constante d'acidité
eau dans une réaction d'équilibre donnant l'ion acétate et l'ion hydronium (code couleur: rouge.
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Convergence évolutive
La (ou évolution convergente) est le résultat de mécanismes évolutifs ayant conduit des espèces, soumises aux mêmes contraintes environnementales (niches écologiques similaires), à adopter indépendamment plusieurs traits physiologiques, morphologiques, parfois comportementaux semblables.
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Cycle catalytique
Exemple de cycle catalytique: le procédé Monsanto. En chimie, un cycle catalytique est un terme désignant un mécanisme réactionnel à plusieurs étapes impliquant un catalyseur.
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Cystéine
La cystéine (abréviations IUPAC-IUBMB: Cys et C), du grec ancien (« vessie »), est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, encodé sur les ARN messagers par les codons UGU et UGC.
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Cytomégalovirus
Le cytomégalovirus, Cytomegalovirus (CMV), aussi appelé Herpès Virus Humain de type 5 (HHV-5) est un virus responsable d'infections passant le plus souvent inaperçues.
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Déprotonation
La déprotonation est une réaction chimique au cours de laquelle un proton H+ est retiré d'une molécule, qui va former sa base conjuguée.
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Doublet non liant
Un doublet non liant (ou doublet libre) est un doublet d'électrons de valence qui n'est pas impliqué dans une liaison covalente.
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EC 3.1
Hydrolase 3.1.1.23. Le groupe EC3.1 est un groupe d'hydrolases rassemblant les estérasesydrolase 3.1.1.23, c'est-à-dire les enzymes catalysant la réaction générale: où R représente un acide quelconque et R' son substrat.
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Encombrement stérique
''tert''-butyle en vert, l’azote en bleu. L' est la gêne provoquée par la disposition et le volume d'une partie d'une molécule lors de l'approche d'un réactif ou d'une autre partie de la molécule.
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Enzyme
stop. Diagramme d'une réaction catalysée montrant l'énergie '''E''' requise à différentes étapes suivant l'axe du temps '''t'''. Les substrats A et B en conditions normales requièrent une quantité d'énergie E1 pour atteindre l'état de transition A…B, à la suite duquel le produit de réaction AB peut se former. L'enzyme E crée un microenvironnement dans lequel A et B peuvent atteindre l'état de transition A…E…B moyennant une énergie d'activation E2 plus faible. Ceci accroît considérablement la vitesse de réaction. Action d'une enzyme sur l'énergie d'activation d'une réaction chimique. Une enzyme est une protéine dotée de propriétés catalytiques.
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Extrémité C-terminale
Structure d'un tétrapeptide (valine, glycine, sérine, alanine). L'extrémité C-terminale, à droite, est indiquée en bleu. L'extrémité C-terminale, aussi appelée extrémité carboxy-terminale, extrémité COOH ou terminaison carboxyle, est l'une des deux extrémités d'une protéine ou d'un peptide qui sont des polymères linéaires.
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Extrémité N-terminale
L'extrémité N-terminale (ou terminaison amine, terminaison aminée, terminaison N ou terminaison NH2) réfère à l’extrémité d'une protéine ou d'un polypeptide se terminant par un acide aminé avec une fonction amine libre (-NH2).
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Groupe fonctionnel
En chimie, les composés organiques peuvent être considérés comme constitués d'un squelette relativement non réactif appelé lalcane parent en nomenclature substitutive, et d’un ou plusieurs groupes fonctionnels.
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Hépatite A
Lhépatite A (anciennement connue sous le nom d'hépatite infectieuse) est une hépatite virale, une maladie infectieuse aiguë du foie causée par le virus de l'hépatite A est également nommée « maladie des mains sales » en raison de sa transmission le plus souvent féco-orale par des aliments ou de l'eau contaminés.
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Histidine
L'histidine (abréviations IUPAC-IUBMB: His et H), du grec ancien, (« mât de navire », « métier à tisser », « voile de navire »), est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, l'un des acides aminés essentiels et fait partie des acides aminés glucoformateur.
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Hydrolase
Les hydrolases constituent une classe d'enzymes qui catalysent les réactions d'hydrolyse de molécules suivant la réaction générale: On y trouve par exemple.
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Hydrolyse
Une hydrolyse (du grec hydro: eau et lysis: briser) est une réaction chimique et enzymatique dans laquelle une liaison covalente est rompue par action d'une molécule d'eau.
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Hydrophobie (physique)
L’hydrophobie (du bas latin, issu du grec, de, « eau », et, « action de chasser, d’effaroucher, d’effrayer ») caractérise les surfaces qui semblent repousser l'eau.
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Hydroxyle
Protonation hydroxyle. En chimie et en minéralogie, le nom hydroxyle ou oxhydryle désigne l'entité OH comportant un atome d'oxygène et d'hydrogène liés.
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Imidazole
L'imidazole (deux tautomères, 1H et 3H) est un composé organique aromatique hétérocyclique.
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Intermédiaire réactionnel
Un intermédiaire réactionnel est une espèce participant à un mécanisme réactionnel et qui n'est ni un réactif, ni un produit dans l'équation-bilan de la réaction.
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Ion
+) a comme logique d'avoir la même structure électronique que le gaz noble (cadre rouge) le plus proche. Un ion est un atome ou un groupe d'atomes portant une charge électrique, parce que son nombre d'électrons est différent de son nombre de protons.
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Liaison covalente
Une liaison covalente est une liaison chimique dans laquelle deux atomes se partagent deux électrons (un électron chacun ou deux électrons venant du même atome) d'une de leurs couches externes afin de former un doublet d'électrons liant les deux atomes.
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Liaison hydrogène
Liaison hydrogène entre des molécules d'eau. La liaison hydrogène ou pont hydrogène est une force intermoléculaire ou intramoléculaire impliquant un atome d'hydrogène et un atome électronégatif comme l'oxygène, l'azote et le fluor.
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Lipase
Les lipases sont des enzymes hydrosolubles capables d'effectuer l'hydrolyse de fonctions esters et sont spécialisées dans la transformation de glycéride (triglycéride, diglycérides, monoglycérides) en glycérol et en acides gras (lipolyse).
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Lysine
La lysine (abréviations IUPAC-IUBMB: Lys et K) est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, et l'un des neuf acides aminés essentiels pour l'homme.
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Mécanisme réactionnel
En chimie, un mécanisme réactionnel est l'enchainement d'étapes, de réactions élémentaires, par lequel un changement chimique a lieu.
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Méthyle
En chimie, le groupe méthyle (souvent abrégé Me) est le radical alkyle hydrophobe dérivé du méthane (CH4).
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Molécule d'eau
La molécule d’eau, de formule, est le constituant essentiel de l’eau pure.
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Nucléofuge
En chimie organique, un nucléofuge est un substituant ayant la capacité de se détacher d'une molécule et emportant avec lui le doublet impliqué dans la liaison.
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Nucléophile
En chimie, un nucléophile (littéralement qui aime les noyaux, donc qui aime les charges positives) est une espèce chimique attirée par les espèces chargées positivement, par opposition à une espèce électrophile.
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Oxygène
L'oxygène est l'élément chimique de numéro atomique 8, de symbole O. C'est la tête de file du groupe des chalcogènes, souvent appelé groupe de l'oxygène.
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Papaïne
La papaïne est une protéase à cystéine qui catalyse le clivage des liaisons peptidiques avec une spécificité assez faible, mais toutefois une préférence pour l'hydrolyse des sites ayant un résidu d'acide aminé portant une grande chaîne latérale hydrophobe en position P2 et pas de résidu de valine en position P1’.
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Paradigme
''Universum'', C. Flammarion, gravure sur bois, Paris 1888. Un paradigme est — en épistémologie et dans les sciences humaines et sociales — une représentation du monde, une manière de voir les choses, un modèle cohérent du monde qui repose sur un fondement défini (matrice disciplinaire, modèle théorique, courant de pensée).
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Peptidase
Coupure protéolytique d'une chaîne peptidique Les peptidases (ou protéases ou enzymes protéolytiques) sont des enzymes qui brisent les liaisons peptidiques des protéines.
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Peptide
Exemple de peptide. Exemple de peptide. Exemple de peptide. Un peptide est un polymère d’acides aminés reliés entre eux par des liaisons peptidiques.
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Polypeptide
Un polypeptide est une chaîne d'acides aminés reliés par des liaisons peptidiques.
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Produit de réaction
Les produits de réaction de la combustion du méthane sont le dioxyde de carbone et l'eau. Un produit de réaction est une substance résultant d'une réaction chimique.
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Protéase à cystéine
Une protéase à cystéine, ou parfois protéase à thiol, est une peptidase dont le résidu d'acide aminé nucléophile de la triade (ou diade) catalytique est une cystéine.
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Protéase à sérine
catalytique des protéases à sérine. Les protéases à sérine sont une famille de protéases, ou peptidases, qui partagent le même mécanisme d'action.
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Protéase à thréonine
pmc.
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Protéase TEV
La protéase TEV, ou protéase du virus de la gravure du tabac, est une protéase à cystéine du virus de la gravure du tabac.
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Proton
Le proton est une particule subatomique portant une charge électrique élémentaire positive.
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Réaction chimique
Une réaction chimique est une transformation de la matière au cours de laquelle les espèces chimiques qui constituent la matière sont modifiées.
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Résidu (biochimie)
acides aminés. En biochimie et en biologie moléculaire, un résidu est la partie d'une molécule, généralement un monomère, qui est restée inchangée après être entrée dans la composition d'une biomolécule complexe ou d'un polymère.
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Repliement alpha/bêta hydrolase
En biologie moléculaire, un repliement α/β hydrolase est un mode de repliement commun à de nombreuses hydrolases d'origines phylogénétiques et de fonctions catalytiques très variées.
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Repliement des protéines
Repliement des protéines Le repliement des protéines est le processus physique par lequel un polypeptide se replie dans sa structure tridimensionnelle caractéristique dans laquelle il est fonctionnel.
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Séquence biologique
Une séquence biologique est la description de l'enchaînement des éléments (ou monomères) qui constituent une macromolécule biologique, acide nucléique ou protéine.
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Sérine
La sérine (abréviations IUPAC-IUBMB: Ser et S) est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, encodé sur les ARN messagers par les codons UCU, UCC, UCA, UCG, AGU et AGC.
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Site actif
Le site actif désigne en catalyse la partie du catalyseur qui va interagir avec le(s) substrat(s) pour former le(s) produit(s).
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Soufre
Le soufre est l'élément chimique de numéro atomique 16, de symbole S. C'est un membre du groupe des chalcogènes.
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Structure primaire
Structure des protéines, en particulier la structure primaire En biochimie, la structure primaire d'une biomolécule non-ramifiée comme une protéine ou un brin d'ADN ou d'ARN, est la séquence de nucléotides ou d'acides aminés du début à la fin de la molécule.
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Structure tertiaire
En biochimie, la structure tertiaire ou tridimensionnelle est le repliement dans l'espace d'une chaîne polypeptidique.
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Substrat enzymatique
En enzymologie, on désigne par substrat enzymatique toute molécule subissant une réaction chimique catalysée par une enzyme (ex: l'amidon est hydrolysé par l'amylase en glucose).
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Tétraèdre
Un tétraèdre. Paul Sérusier, Tétraèdres, vers 1910. En géométrie, les tétraèdres (du grec tétra: quatre) sont des polyèdres de la famille des pyramides, composés de triangulaires, et.
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Thiol
groupe sulfhydryle en bleu. Un thiol est un composé organosulfuré de formule générique R–SH, où R est un radical organique (alkyle ou aryle, par exemple) et –SH le groupe sulfhydryle, analogue au groupe hydroxyle –OH des alcools en remplaçant l'atome d'oxygène par un atome de soufre.
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Thiolate
Le terme thiolate (parfois mercaptide) désigne les anions issus de la déprotonation des thiols, c'est-à-dire la base conjuguée des thiols, mais aussi les sels (métalliques ou autres) de thiols.
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Thréonine
La thréonine (abréviations IUPAC-IUBMB: Thr et T) est un α-aminé dont l'énantiomère L est l'un des acides aminés protéinogènes, et l'un des acides aminés essentiels pour l'homme.
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Transférase
Composé d'alpha-amanitine-ARN polymérase II. En biochimie, une transférase est une enzyme dont le rôle est de catalyser le transfert d'un groupe fonctionnel (par exemple un groupe éthyle ou phosphate) d'une molécule (appelée donneur) à une autre (appelée accepteur).
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Trou oxyanion
Le trou oxyanion Un trou oxyanion est une cavité dans la structure d'une enzyme qui stabilise un atome d'oxygène ou un alcoolate déprotoné, souvent en le plaçant à proximité d'un résidu chargé positivement.
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Virus de la gravure du tabac
Le virus de la gravure du tabac (ou TEV, acronyme de Tobacco etch virus) est un phytovirus du genre Potyvirus (famille des Potyviridae).
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